Jde v první řadě o zmírnění křivd spáchaných za minulého režimu. Majetkovým vyrovnáním se církve stávají ekonomicky samostatnými a přestávají být hospodářsky závislé na státu. K vyrovnání s církvemi dochází i kvůli stanovisku Ústavního soudu, který opakovaně upozornil na to, že nečinnost ve věci vyrovnání státu s církvemi a náboženskými společnostmi je protiústavní. 

Celkem byly náhrady za zestátněný historický církevní majetek vyčísleny tzv. Kasalovou komisí v roce 2007, a to v hodnotě 134 miliard korun. Vycházelo se při tom z údajů Pozemkového fondu ČR, Lesů ČR a z materiálů církví a náboženských společností. Pro ocenění majetku bylo použito průměrné ceny nemovitého majetku v České republice, tedy v podstatě průměru mezi nejdražšími a nejlevnějšími pozemky. Tento výpočet byl ověřen dvěma studiemi, studií Výzkumného ústavu zemědělského a studií společnosti Ernst & Young. Z informací v materiálech komise navíc plyne, že hodnota původního církevního majetku s kompenzacemi reálně může přesahovat až částku 200 miliard, o nějakém zvýhodnění církví a náboženských společností v rámci vyrovnání tedy nemůže být řeč (viz níže).

Vydává se pouze majetek, který je ve vlastnictví českého státu, nikoli ve vlastnictví krajů, obcí či fyzických a právnických osob. Je to majetek, jejž v době po zabavení komunisty spravoval Pozemkový fond ČR a Lesy ČR. Z celkového objemu navraceného majetku v hodnotě 134 miliard korun bude 75 miliard korun pokryto vydáním movitého a nemovitého majetku. 59 miliard korun se církvím a náboženským společnostem finančně kompenzuje; je to náhrada za historický církevní majetek, který církev vlastnila, následně byl zabaven, a jako takový by byl navrácen, pokud by nyní patřil státu. Majetku měst a obcí, který byl nabyt v souladu se zákonem, se tak vydávání v rámci vyrovnání netýká.

Částka 59 miliard není od roku 2013 vyplácena najednou. Stát se s církvemi dohodl na vzájemně výhodných podmínkách a tato částka je splácena po dobu 30 let, a to pouze s přihlédnutím k výši inflace. Tyto podmínky jsou výhodnější než ty původně v roce 2007 dohodnuté. Počítaly totiž s dobou splácení 60 let při fixní inflaci, takže zvyšovaly celkovou hodnotu vyrovnání až na 270 miliard korun.

Žádosti v podobě výzev k vydání majetku podávaly do 31. 12. 2013 jednotlivé církevní subjekty – každá farnost, klášter atp. zvlášť. Jednalo se tedy o několik tisíc žadatelů, kteří museli předložit dokumenty potvrzující vlastnictví konkrétních movitostí a nemovitostí před rokem 1948 a požádat o jeho vydání. Až po přezkoumání těchto žádostí ze strany státu může být majetek vydán.

Seznam majetku, o který církev požádala v rámci majetkového vyrovnání je k dispozici na stránkách Státního pozemkového úřadu a Lesů ČR.

Výčtová metoda je nevhodná hned z několika důvodů. Vzhledem k aktuální praxi Ústavního soudu mohla být označena za protiústavní, neboť by se jednalo o individuální právní akt. Český úřad zeměměřičský a katastrální označil tuto metodu navíc za nereálnou již v letech. 1998 - 2000. Do okamžiku nabytí účinnosti zákona (1. 1. 2013) by v případě tohoto řešení nebylo možné zajistit „znehybnění“ údajů v katastru a některé z vydávaných nemovitostí tak nebudou v katastru existovat, nebo jejich označení nebude odpovídat skutečnému stavu.

Realizace takového návrhu by znamenala, že by se majetek původním majitelům  fakticky nevrátil. Církev by totiž nemohla o svém majetku zcela svobodně rozhodovat. Navíc tento případný model neodpovídá tomu, jak církev v minulosti spravovala majetek decentralizovaně, podle místních potřeb. Navíc, když je majetek roztroušený po celé republice a pod centrální správou, může být např. náchylný ke zpronevěře.

Zákon o částečném majetkovém vyrovnání ustanovuje přechodné období, které trvá 30 let, a slouží k tomu, aby se církve a náboženské společnosti dobře připravily na to, že po jeho konci již budou hospodařit zcela samy. Aby tato výrazná změna proběhla plynule, je součástí vyrovnání příspěvek na provoz církví. Jeho výše se v letech 2013 - 2015 nominálně rovná výši dotace na provoz církve v roce 2012 (a bez ohledu na inflaci koruny), a od roku 2016 se potom po sedmnáct let každoročně snižuje o 5 %. Již po roce 2030 tak bude příspěvek na provoz církví od státu nulový. Nově zaregistrované církve (po roce 2013) státní příspěvek na provoz nedostávají.

Vyrovnání má pozitivní dopad na více než pět set českých a moravských obcí. Jsou totiž rušena tzv. blokační ustanovení, která jednak znemožňovala nakládání s majetkem s nejasnými vlastnickými poměry, a taktéž nebylo například možné například na opravy tohoto majetku čerpat dotace. Blokovaný majetek znemožňoval schvalování územních plánů a byl spravován z obecních peněz, přestože obci nepatří. Bez schváleného územního plánu není možné čerpat dotace z žádného dotačního programu. Po ukončení vyrovnání státu s církvemi budou majetkové vztahy vyjasněny a obce budou moci konečně i pro tuto oblast žádat dotace z programů EU na roky 2014–2020.